नेपालमा पाइने ब्रायोफाइटा र टेरिडोफाइटा (काई र उन्यू) को सर्वेक्षण, संकलन तथा पहिचान गरी फ्लोरा प्रकाशन गर्ने उद्देश्यका साथ शाखा कार्यरत रहेको छ।। नेपालमा १,२१३ प्रजातिका काई तथा ५८३ प्रजातिका उन्यू पाइन्छन्। नेपालमा पाइने ५८३ प्रजातिका उन्यूहरुमध्ये २ प्रजातिका उन्यू इन्डेमिक रहेका छन्। ४ वटा टाइप नमुना सहित १८,००० उन्यूका हर्वेरियम नमुनाहरु KATH हर्वेरियममा संरक्षित छन्।